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Installation des logiciels :
- Mysql pour Windows https://sourceforge.net/projects/wampserver/files/WampServer%202/Wampserver%202.5/ version 2.5 : wampserver2.5-Apache-2.4.9-Mysql-5.6.17-php5.5.12-64b.exe
- Mysql Mac : https://www.mamp.info/en/downloads/
- R Studio : https://posit.co/download/rstudio-desktop/
NOTE Mysql installation avec Windows:
- Windows 64-bit, ZIP Archive puis ne pas « créer de compte » juste « No thanks, just start my download. »
- Installation si nécessaire de « Redistribuable Visual C++ pour Visual Studio 2012 » fichiers vcredist_x64.exe et vcredist_x86.exe depuis https://www.microsoft.com/fr-fr/download/details.aspx?id=30679
- En cas de soucis, possibilité d’installer MAMP : https://www.mamp.info/en/downloads/
Accès aux fichiers pour TP
Liens vers le fichier SQL ci-dessous pour importation dans une base de données :
Accès à la base de données depuis R
install.packages("RMySQL")
library(RMySQL)L’accès à un serveur de base de données Mysql suppose plusieurs informations techniques, l’adresse du serveur de base de données (ici 127.0.0.1), un compte sur cette base de données (ici root), un mot de passe correspondant à ce compte (ici « » pour indiquer mot de passe vide), un port de base de données (ici et par défaut 3306 mais sur Mamp cela peut être 8889) et enfin une base de données (ici sante)
DB <- dbConnect(MySQL(), user="root", host="127.0.0.1", password="",dbname="sante" , port=3306)Une fois la connexion réalisée, on peut lister les tables dans cette base de données sante.
dbListTables(DB)Et enfin poser des questions en SQL
resultat <- dbGetQuery(DB, "SELECT * FROM data")
print( resultat )Importation en CSV
La première étape est de trouver le dossier dans lequel Mysql accepte l’importation d’un fichier CSV, la requête SQL est la suivante :
SHOW VARIABLES LIKE "secure_file_priv"
Dans mon cas le dossier est dans c:\Developpement\Wamp64\tmp\ du coup je peux placer mon fichier analyse.csv dans ce dossier et lancé cette requête SQL après avoir créé la table analyse :
LOAD DATA INFILE 'c:/Developpement/wamp64/tmp/analyse.csv' INTO TABLE analyse FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\r\n' IGNORE 1 ROWS;
